聚合硫酸铁作为水处理混凝剂，通常在沉淀池中投加聚铁对废水进行混凝，能够对废水中的大部份有机污染物，悬浮物都有很好的去除作用，其脱色效果也要优于其它混凝剂，但在处理某些难降解废水如印染废水与制药废水时，在聚合硫酸铁投加后废水会迅速变黑，从沉淀池到厌氧出水聚合硫酸铁投加使废水发黑全是黑的。

　　对于发黑物质硫化铁的处理方法，由于硫化铁矾花没有沉淀的原因是因为其重量轻无法沉淀，所以可以加入一定量的絮凝剂如聚丙烯酰胺等，对其进行强化快速絮凝粘结成团，促使其迅速沉降下去，从而达到去除黑色的目的。

　　其次可通过在废水先投加石灰对硫化物进行去除后，再投加聚合硫酸铁进行混凝处理，这样便不会产生硫化铁。如是采用硫酸亚铁混凝的话，则可加大曝气量，防止其缺氧。或者不用曝气，加大水力搅拌，防止亚铁离子氧化成3价铁离子再反应生成黑色硫化铁。